Nedostaci procjenjivanje znanja uz primjenu računala mogu se svrstati u pedagoške i administrativne.

    Pedagoški nedostaci

•  nepouzdana identifikacija pristupnika, ako tijek ispita nije nadgledan (za samoprocjenu nebitno)
•  povećana opasnost od varanja i plagijarizma
•  studenti moraju imati osnovnu kompjutersku pismenost
•  nastavnici često pribjegavaju lakoj upotrebi testova samo s višestrukim predloženim odgovorima (MCQ)
•  pokatkad se ispituje samo niska razina znanja (činjenice)

    Administrativni nedostaci

•  uvođenje IT-a može u početku biti skupo
•  nastavnici trebaju u početku tečajeve za uspješnu primjenu IT u samoprocjeni i procjeni znanja, posebno da se osigura visoka kvaliteta
•  potrebna je suradnja dizajnera tečaja, programera i nastavnika u stvaranju okružja
•  neki sustavi za procjenu znanja IT-ama ne dozvoljavaju anoniman ulaz
•  hardver i softver moraju biti kvalitetni da se izbjegne otkazivanje tijekom procjene
•  rabi li se Internet poželjna je čvrsta i po mogućnosti brza veza